Sejak tanggal 29 Juli 1962 gereja GIDI terbentuk secara organisme ketika terjadi baptisan pertama di kali nduame (sungai Yordan pada waktu itu) di Kelila wilayah Bogo. Kemudian pada tanggal 12 Februari 1963 gereja ini terbentuk secara organisasi dan tanggal tersebut ditetapkan sebagai hari lahirnya gereja GIDI yang diperingati setiap tahun. Dalam catatan sejarah maupun kesaksian pelaku sejarah gereja ini menyebutkan bahwa tanggal tersebut menjadi tolak ukur keputusan untuk memilih berdiri sendiri yaitu bertepatan dengan hari Konferensi Umum Pertama Gereja-Gereja Lani pada tanggal 12 Februari 1963 di Pit River yang dihadiri oleh 51 pemimpin gereja Lani dari 11 wilayah dan 7 Misionaris (ABMS, RBU, C&MA, UFM). Inilah tonggak awal berdirinya Gereja Injili Di Indonesia secara de jure dan de facto.
Kini usia GIDI sudah mencapai lima puluh dua tahun. Ditelaah dari sudut waktu, lima puluh dua tahun adalah usia yang cukup dewasa secara rohani untuk mandiri dalam mengejawantahkan visinya ke dalam tindakan nyata di muka bumi. Pertumbuhan dan pengembangan secara kuantitas maupun kualitas merupakan tujuan utama gereja ini maka untuk mancapi tujuan tersebut gereja melakukan dua arah pelayanan yaitu Penginjilan dan Pemuridan. Oleh karena anugerah Tuhan yang maha besar, maka gereja GIDI terus mengalami pertumbuhan dan perkembangan yang sangat pesat dalam pelayanannya, baik di tingkat lokal (Papua), nasional dan internasional. Lokal dan nasional dalam bentuk pengembangan pos PI dan jemaat, sedangkan tingkat internasinal berhubungan dengan kerjasama bidang penginjilan, pendidikan, kesehatan dan ekonomi kreatif berbasiskan jemaat. Semua ini tentu menyadarkan umat GIDI agar senantiasa merendahkan diri dan bersandar kepada Tuhan serta bersyukur dihadapan Tuhan atas kehendak dan rencan-Nya melahirkan gereja pribumi. Ia yang membangun gereja-Nya, Ia sendiri pula akan memelihara dan merawatnya sampai hari kesudahan tiba.
Kebenaran ini datang dari pihak Tuhan bahwa Ia membuktikan prinsip Kerajaan Allah melalui gereja-Nya; dimana Kerajaan Allah mengandung prinsip benih yaitu yang terkecil dan yang terbelakang kini bertumbuh dalam Kasih Karunia dan Kebenaran. Semuanya berpusat pada Yesus Kristus sebagai kepala gereja dan Injil terus diberitakan sampai Kristus datang yang kedua kali. Hanya dalam keilahian-Nya, GIDI bermegah; dalam kuasa-Nya, GIDI bertindak; dalam Amanat Agung-Nya, GIDI terus siap kemana saja diutus pergi memberkati bangsa-bangsa; dan dalam kebesaran-Nya, GIDI bertumbuh dan berkembang.
Oleh kasih karunia Tuhan maka gereja GIDI memperluas wilayah pelayanan di seluruh pelosok tanah Papua, Indonesia, Asia Pasific dan Eropa.
- Anggota Jemaat: 976.000 jiwa yang sudah terdaftar dalam Surat Baptisan (Sumber: statistik GIDI 2009).
- Jemaat lokal: 2.061 buah gereja.
- Terdiri dari 8 wilayah: Bogo, Toli, Yamo, Yahukimo, Pegunungan Bintang, Pantai Utara, Pantai Selatan, Jasumbas.
- Pos PI sebanyak 104 buah.
- Tenaga Missionaris/Penginjil lokal dan internasional sebanyak 92 kepala keluarga atau 582 orang yang melayani di dalam negeri dan luar negeri.
- Kerja sama dengan gereja - gereja Injili di Luar Negeri : Israel, Papua New Guniea, Palau, Belanda, Aboriginal, Yunani, Pakistan dan Ethiopia.
